为适应高等医学教育改革的需求，落实首都医科大学教育发展纲要，2004年我校启动新一轮教育、教学改革。机能实验室改革进入了实质合并阶段。基础医学院建立校、院二级管理的实验教学中心，机能实验室隶属其下。现已将生理、药理、病理生理三学科的实验室统一归属机能实验室管理。2005~2016年度北京市教委及学校在原有建设的基础上又投入了经费2000余万，支持实验室硬件改造与建设。先后购置各种实验仪器设备：如SH-1同步反馈示教系统、VBL-200虚拟实验室、Power-Lab人体实验高级教学套装、BL-420F生物信号记录系统、离体器官灌流装置、动物呼吸机、动物麻醉机、血气分析仪、血氧仪、自动编程缺氧实验装置、氧与二氧化碳测定仪和尿液分析仪等多台套。实验室安装Cyber-class5网络教学系统，已形成通过系统网络化教学设施进行人体及动物实验相结合的新型实验模式。

　　  同时，在学校、教务处和基础医学院的领导下，进行了课程体系的改革，2007-2016年先后编写出版了《医学机能学实验》，《Medical Functioal Experiment Manual》并在实验教学中取得了较好的效果。2010年机能学实验评为北京市精品课程。

　　  机能学实验室现有学生实验室12间(864m2)、预备室、药品库房及办公室11间(208m2)，其中包含人体机能实验室2间、本科生创新实验室2间；实验教学用实验室、经费由中心统一管理与调配，仪器设备由各室共享；实验室实行主任负责制，技术人员编制8名，实验课代课教师32人，实行专职与兼职并存的用人原则；承担全校4、5、7年制各专业及成人专升本，专科等机能实验课教学。

目前，实验教学正进入信息化快速发展的新阶段，机能实验室将继续强化内涵建设，努力完成学校“十三五”发展的战略目标，在建设“国内一流、国际知名”实验室的道路上砥砺前行。