基础医学院截止到2017年3月，共有学生1715人。期中长学制学生682人，含长学制临床医学专业517人、长学制临床医学（儿科医学方向）专业105人、长学制口腔医学专业60人；本科学生714人，含五年制临床医学专业414人、五年制基础医学专业144人、五年制口腔医学专业44人、四年制医学实验技术专业60人、四年制康复治疗学专业52人，硕士研究生202人及博士研究生117人。

　　基础医学院有学生党支部13个，含1个长学制党支部、2个本科党支部、10个研究生党支部，共有学生党员171名。学院作为学校学生党校“萌芽教育期”的试点学院，通过“思想启蒙、立体教育、主题导向、两微一刊、特殊关注”五个环节点面结合，全方位、有重点激发新生入党激情，树立入党光荣的意识，把学生党建工作落到实处。

　　基础医学院秉承的学生工作理念为“三个下功夫，三个坚持” ，即“在育人理念上下功夫，坚持建设优秀团队；在政治引领上下功夫，坚持传承红色基因；在学风建设上下功夫，坚持全面系统推进”。将社会主义核心价值观在教育全过程中“落细落小落实”，引导广大学生勤学、修德、明辨、笃实，使社会主义核心价值观成为基本遵循。

    基础医学院学生办公室目前共有10位在职辅导员，由1名党委副书记分管学生工作。学生办公室是一个团结、奋进的集体，平均年龄在29岁，是一支充满活力，充满干劲的年轻队伍。为全面提升职业素养，建设一支“专业化、职业化、专家化”的辅导员专业队伍，2016年团队成员积极参加校外各类培训共计19人次，全员按时参加校内培训20余次。团队成员还积极参加相关科研课题研究，2016年在中文核心期刊发表相关一作论文6篇，课题结题3项，目前课题在研10项，其中校长基金6项，北京市课题4项。