首都医科大学基础医学实验教学中心成立于2005年，是隶属于首都医科大学基础医学院的一级独立的教学机构，中心下设医学生物学、医学形态学、医学机能学、病原生物学与免疫学四个实验室。其中医学生物学实验室由生物化学和分子生物学、细胞生物学和医学遗传学的教学实验室融合而成；医学形态学实验室由人体解剖学、组织胚胎学、病理学和神经生物学的教学实验室融合而成；医学机能学实验室由生理学、病理生理学和药理学教学实验室融合而成；病原生物学与免疫学实验室由人体寄生虫学、医学微生物学和医学免疫学的教学实验室融合而成。

　　实验教学中心现有专职人员 41人，其中教授 4人、副教授 7人、副主任技师 6人；兼职人员 127人，其中教授 25人、副教授 39人，具有博士、硕士学位的教师占兼职人员总数的 98%。实验教学中心主任由基础医学院副院长、研究生导师武艳教授担任。

　　实验教学中心现有实验教学场地使用面积近5000平米；拥有仪器设备5000多台套；固定资产总值4000多万元。实验教学中心为实验教学配备了先进的实验仪器设备，将多媒体技术、数字网络技术、虚拟技术、显微互动技术等现代化教学手段应用于实验教学中，大大提高了实验教学的水平。

　　实验教学中心现承担研究生、本专科生等共16个专业的实验教学任务，实验课年均人时数超过32万。除开设覆盖基础医学院全部学科独立设置的多门综合性实验课程外，还为研究生开设了多门高级实验课程。

　　在实验课程体系建设上，实验教学中心打破传统的学科界限，创建了覆盖基础医学所有学科由四大模块、五门独立的主干课程组成的综合性实验课程体系。在教学模式上，实验教学中心在实验课程中保留部分经典的基础实验，增加了以人体器官、临床疾病和生命科学问题为主线的学科融合型实验和学生自主设计、创新性实验，形成了基础性、综合性和设计、创新性实验三个层次。

        2007年实验教学中心获批为北京市高校实验教学示范中心；2008年获批为国家级基础医学实验教学示范中心建设单位；2012年通过国家级基础医学实验教学示范中心认证。