1998-2004年，首都医科大学开展了面向21世纪医学人才培养的第一轮教育教学改革。按照“教育要面向现代化、面向世界、面向未来”的要求，以21世纪人才培养为出发点，以转变教育思想、更新教育观念为先导，以改革教学内容、课程体系为重点，加强教学管理，发展素质教育，加强医德医风教育，努力培养符合社会主义现代化建设的医学人才。在此基础上，为实现学校战略规划，提升教育教学水平质量，从2005年开始，基础医学院进行了一系列的教育教学改革。
一、第二轮教育教学改革
本轮改革的主旨是“实现医学教育标准要求，搭建医学人才培养平台，建立有特色的教育教学模式，奠定医学教育发展的基础。”是以本土化的国际医学教育标准为基准，对各专业人才培养模式、课程内容和教学方法进行的系统改革。
1.建立了各专业比较完善的新的课程体系。基于各专业培养目标的差异，将同一门课程分别设置为A、B、C、D不同级别以满足不同专业学生的需求。基础医学院在课程体系建设方面获批首都医科大学校长研究基金（重点项目）4项，一般项目1项，获得校级特等奖1项。
2.建立了系统的实验教学体系。基础医学院将原有的实验课程根据教学内容进行整合，诞生了5门实验教学综合课程：正常人体形态学实验，异常人体形态学实验，医学机能学实验，医学生物学实验，病原学与免疫学实验。在实验教学体系建设方面获批首都医科大学校长研究基金（重点项目）2 项，一般项目2项，获得北京市教育教学成果奖（高等教育）二等奖1项，校级特等奖1项。
3.形成必修与选修结合、第一与第二课堂相互补充的综合培养方式。基础医学院为不同专业学生开设了10 门选修课，内容涉及基础医学研究常用的实验技术及生殖医学、老年医学等多个领域。成为课堂教学的有益补充。
4.建立了完善的督导、同行、学生三方评教的教育教学质量监控体系，为保持基础医学院教育教学质量的高水准提供了有力的保障。
第二轮教育教学改革目标的顺利实现，为基础医学院本专科教育教学稳步发展搭建了良好的平台。
二、第三轮教育教学改革
在前一轮人才培养模式改革的基础上，2009-2012年，基础医学院开展了主题为“坚持内涵发展，优化教学过程、营造育人范围、提升教学质量”的第三轮教育教学改革。
1. 更新教育教学观念。以培养学生创新精神、实践能力和综合素质为基本要求，以全面调动教师、学生两方面的积极性为核心，基础医学院实现了教学在规范基础上的活跃，促进了人才培养水平的不断提高。
2. 优化教学过程。基础医学院对教学过程进行了规范化的研究并加以实施，在教学大纲修定、教学教案编写、教学任务安排、实验课程整合、教学手段提高、教学方法改进、考核体系建立、教学效果评价、学生意见反馈等各教学环节进行合理引导和有效管理，为教学过程的优化改革添砖加瓦。
3. 推动教学方式改革。基础医学院下属的不同学科进行了多种新教学模式的大胆尝试和积极探索，如网络教学、PBL教学、PBL结合LBL双轨教学、“自主学习,合作探讨”式教学、双语教学等等，充分利用现代信息化教育技术，多方位搭建形象教学与抽象思维能力培养的平台，增加师生互动交流的机会，提高学生的学习兴趣，有效激发学生的学习和创新潜能。
4. 探索考核方法改革。基础医学院共建设了14个基础医学不同学科的试题库，收集整理3万余道试题；题库中的试题在实际应用中不断的得到规范、完善。同时，积极进行考核评价体系的完善与操作考核规范化的探索，对医学机能学、病原学及免疫学实验课程等开展以综合实验及设计实验为主线、以实验技能为考查重点、以实验操作技术及实验设计和报告为主要项目的新考核模式的尝试，使考核方式尽可能体现科学、合理、客观、公平的原则。
5. 深入进行人才培养模式创新改革探索。进一步探索以综合能力培养为导向的高素质医学人才创新培养模式，建立以学生为中心的自主学习模式，确立学生在教学中的主体地位，加强学生终身学习能力、批判性思维能力和创新能力的培养；强化基础理论、基本知识、基本技能等的教学要求，密切理论与实践的结合。
此轮改革得到了全院师生的广泛关注和踊跃参与，共获批校长研究基金项目 58项，绝大多数研究成果已转化应用于实际教学过程；获校级教育教学研究成果奖一等奖 3项，二等奖 7 项；开展学生第二课堂项目 65 项，参加学生达 331 人，使第二课堂成为学生提高动手能力、创新能力及综合素质的有效途径。
三、第四轮教育教学改革
在前两轮改革的基础上，2013年起，基础医学院开始了主题为“以学生学习成长为核心、以提升教育教学水平质量为目标”的第四轮教育教学改革。这一轮改革强调“建立学生学习成长模式，建设学生自主学习氛围条件，提升教育教学水平质量，深化医学人才培养综合改革”。
在原有的第二课堂活动的基础上，我院积极推动、鼓励本科生在教师的指导下参与科研创新活动。学生在巩固提升课堂知识的同时，锻炼、培养了团队合作能力，并有效提高了学生的综合素质、自主学习及创新能力。此外，我院完善了考试结果分析与反馈制度，在题库出题考试后进行基于教育测量学的学生个性化考试分析，并将分析结果反馈给学生，以促进教育教学水平质量的进一步提升。近年来我院本科生多次参加国家级各项赛事，获得全国大学生基础医学创新论坛暨实验设计大赛奖及学术会议青年优秀论文奖等多个奖项。
学院在学科融和体制创新的基础上推进了课程的融合。学校推进了生理学科与病理生理学科的融合，并在此基础上推进了《医学生理学》课程的建设和试点；因学校从体制上融合了基础病理学和临床病理学，实现了病理教师和病理医师双师培养，使病理形态教学与临床疾病相结合而更加生动；因从体制机制上建立了实验教学中心，在教师团队融合的基础上，将实验教学从学科课程模式转变为学科群项目模式，使学生能够通过项目实验教学把知识和能力融会贯通；在体制创新和信息技术应用的基础上，把形态学教学转向器官系统为核心的模式中，通过现实空间和虚拟空间相结合，使学生把正常形态与异常形态的知识融会贯通，培养学生的思维辨别能力。
通过我院师生的不懈努力，目前已经改变了以教师传授知识为主、学生被动学习的传统模式，实现了教师传授知识的同时授学生以“渔”，实现学生主动学习、自主学习能力的较大幅度提高，初步形成教与学相互促进、全员关注学生学习成长的良好育人氛围。
瞄准国际医学教育标准，通过前后系统的、连续的、循序渐进、层层深入的教学改革，基础医学院进一步落实了首都医科大学教育建设发展规划，持续推进教育教学改革和建设，切实提升了教育教学质量，推动了我校教育一流目标的实现。
近5年市级以上教改课题：
序号 |
时间 |
项目名称 |
项目级别 |
负责人 |
1 |
2019 |
中华医学会医学教育分会医学教育研究立项课题“在案例教学引导下的医学生理学教学探讨” |
中华医学会医学教育分会、中国高等教育学会医学教育专业委员会 |
徐敬东 |
2 |
2019 |
中华医学会医学教育分会医学教育研究立项课题“医学机能学实验微课设计、开发与应用” |
中华医学会医学教育分会、中国高等教育学会医学教育专业委员会 |
崔艳秋 |
3 |
2019 |
北京市教育科学“十三五”规划2019年度一般课题“创新基地支撑下的临床医学本科生“医研”能力提升策略与路径” |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
李利生 |
4 |
2019 |
2019年度北京市高等学校高水平人才交叉培养--实培计划项目 |
北京市教育委员会 |
孔璐 |
5 |
2020 |
北京高等教育“本科教学改革创新项目”“基础医学创新人才培养模式研究” |
北京市教育委员会 |
王宇童 |
6 |
2020 |
2020年北京市大学生毕业设计（科研类）项目“组学技术分析肿瘤组织的分子特征” |
北京市教育委员会 |
薛明 |
7 |
2020 |
2020年北京市大学生科研训练计划深化项目“小鼠初级视觉皮层在多种刺激条件下的信息整合研究” |
北京市教育委员会 |
张晨 |
8 |
2020 |
2020年北京市大学生科研训练计划深化项目“ABHD6对 AMPA受体通道动力学的研究” |
北京市教育委员会 |
王珏 |
9 |
2020 |
2020年北京市大学生科研训练计划深化项目“颅内动脉狭窄的蛋白质组学及预测因子研究” |
北京市教育委员会 |
赵丽 |
10 |
2020 |
2020年北京市大学生毕业设计（科研类）项目“醉茄素A调控肝细胞选择性胰岛素抵抗的作用及机理研究” |
北京市教育委员会 |
江梦溪 |
11 |
2021 |
2020年教育部产学合作协同育人项目“机能实验虚实融合沉浸式学习架构的开发与应用” |
教育部高等教育司 |
李利生 |
12 |
2021 |
中华医学会医学教育分会和中国高等教育学会医学教育专业委员会2020年医学教育研究立项课题“基础医学教师队伍可持续发展策略研究与实践” |
中华医学会医学教育分会、中国高等教育学会医学教育专业委员会 |
张晨 |
13 |
2021 |
北京市教育科学“十四五规划2021年度立项课题”基于OBE理念融合PBGS的医学分子生物学课程思政教学模式探索实践 |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
王雅梅 |
14 |
2022 |
“十四五”时期北京市属高校教师队伍高水平教学创新团队建设支持计划 |
北京市教委 |
张晨 |
15 |
2022 |
“2022 年度高等教育 |
中国高等教育学会 |
刘玉婷 |
16 |
2022 |
“后疫情时代基于单细胞测序的虚拟仿真实验系统”入选教育部产学合作协同育人项目2022年第一批立项项目 |
教育部产学合作协同育人项目专家组 |
江梦溪 |
17 |
2023 |
“数字化时代青少年学生学习特点研究”获批北京市“十四五”规划2023年度一般课题 |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
曹丽慧 |
18 |
2023 |
“基于真实世界临床用药数据优化药理学教学内容的探索”获批北京市“十四五”规划2023年度一般课题 |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
许焕丽 |
19 |
2023 |
“新时代国家级基础医学实验教学中心发展困境与迭代跃迁途径研究”获批北京市“十四五”规划2023年度一般课题 |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
王伟 |
20 |
2023 |
“病理学数字资源库的构建与应用”获批北京市“十四五”规划2023年度一般课题 |
北京市教育科学规划领导小组办公室 |
刘瑜 |
21 |
2023 |
2023年北京高等教育本科教学改革创新项目“卓越医学人才基础医学创新实验课程建设” |
北京市教育委员会 |
张晨 |